Development of a national proficiency test for SARS-CoV-2 detection by PCR in Colombia

Abstract

Este estudio tuvo como objetivo desarrollar y caracterizar una prueba de aptitud (PT) nacional cualitativa para la detección del SARS-CoV-2 mediante RT-PCR en Colombia, con el fin de asegurar la validez de los resultados de los laboratorios y detectar posibles debilidades metrológicas. La metodología implicó la preparación y caracterización de un Material de Prueba de Aptitud (PTI) basado en material de referencia del NIST, que consistió en tres muestras positivas con concentraciones variables de ARN de SARS-CoV-2 (1417±216, 146±28 y 14±10 copias/µL) y dos muestras negativas

Se utilizaron ensayos de PCR digital (RT-ddPCR) para cuantificar el gen E del SARS-CoV-2. El PTI se distribuyó a 121 laboratorios en la red nacional de salud pública de Colombia. Se realizaron estudios de homogeneidad y estabilidad, y se evaluó el rendimiento de los laboratorios basándose en el número de muestras correctamente reportadas, considerando un rendimiento 'satisfactorio' si el laboratorio obtenía ≥80% de resultados correctos.

Los resultados mostraron que el 98.3% de los laboratorios participantes tuvieron un rendimiento satisfactorio, mientras que el 1.7% restante tuvo un rendimiento insatisfactorio para la detección de al menos uno de los genes reportados. . La causa más frecuente de error fue la clasificación incorrecta (falso negativo) de la muestra positiva de menor concentración (14 copias/µL).

El estudio también reveló una gran diversidad en las plataformas de medición, kits de RT-PCR y protocolos utilizados por los laboratorios, incluyendo plataformas abiertas (74.4%) y cerradas (25.6%), así como protocolos internos y kits comerciales.

Las conclusiones indican que este esquema de PT identificó posibles debilidades metrológicas en la detección de SARS-CoV-2 por RT-PCR y puede contribuir a mejorar la calidad de las mediciones en la vigilancia de la salud pública. A pesar de algunas limitaciones, como la ausencia de una fase de extracción de ARN y la cobertura incompleta de todos los genes de SARS-CoV-2, el estudio proporcionó una visión general del inventario nacional de plataformas y reactivos, lo que es relevante para la estandarización y la capacidad de respuesta ante futuras pandemias